《关于适用中华人民共和国刑事诉讼法的解释》第七十三条规定吸收《死刑案件证据审查规定》第九条的规定，对因为收集程序存在瑕疵影响真实性和合法性的物证、书证的处理作出了明确规定。具体而言：

1、在勘验、检查、搜查过程中提取、扣押的物证、书证，未附笔录或者清单，不能证明物证、书证来源的，不得作为定案的根据。物证、书证的来源清楚，是物证、书证作为定案根据的前提条件。对于经勘验、检查、搜查提取、扣押的物证、书证，应当附有有关笔录或者清单，以证明物证、书证的具体来源。如果未附有有关笔录或者清单，不能证明物证、书证来源的，则无法确保物证、书证的真实性，无法排除伪造物证、书证的可能。因此，对于此种情形的物证、书证，应当绝对排除，不得作为定案的根据。

2、物证、书证的收集程序、方式有下列瑕疵，经补正或者作出合理解释的，可以采用：（1）勘验、检查、搜查、提取笔录或者扣押清单上没有侦查人员、物品持有人、见证人签名，或者对物品的名称、特征、数量、质量等注明不详的；（2）物证的照片、录像、复制品，书证的副本、复制件未注明与原件核对无异的，无复制时间，或者无被收集、调取人签名、盖章的；（3）物证的照片、录像、复制品，书证的副本、复制件没有制作人关于制作过程和原物、原件存放地点的说明，或者说明中无签名的；（4）有其他瑕疵的。

3、对物证、书证的来源、收集程序有疑问，不能作出合理解释的，该物证、书证不得作为定案的根据。物证、书证的来源及收集过程有疑问，不能做出合理解释的，则影响到该物证、书证的真实性和合法性，应当绝对予以排除，不得作为定案的根据。例如，犯罪嫌疑人付某某在客运汽车上以调包的方式，窃取旅客的笔记本电脑等贵重财物。归案后，付某某拒不认罪。公安机关在其用于调包的废旧杂志上，提取了一枚指纹，经鉴定与付某某的指纹同一，因此认定了该犯罪事实。检察机关在审查案件时发现，该枚指纹没有任何提取手续或者其他记录说明，不能证明该枚指纹系付某某归案后公安机关通过合法程序提取，甚至不能排除其被抓获后才触摸废旧杂志的可能性。只有鉴定意见，没有相关勘察、检查、提取证据的程序记录，不能采信该鉴定意见。而且，侦查人员不能对该情况进行补正或者合理解释。本案中，对于违反法定程序收集的指纹，不能做出合理解释，不能作为认定犯罪嫌疑人付某某盗窃的根据。